Linus Torvalds đã muốn gọi phát minh của mình là Freax, một từ ghép giữa "free", "freak", và "x" (như là một ám chỉ đến Unix). Trong thời gian bắt đầu công việc của mình trên hệ thống, anh đã lưu trữ các tệp dưới tên "Freax" trong khoảng nữa năm. Torvalds đã từng xem xét cái tên "Linux," nhưng ban đầu bác bỏ nó là quá tự cao tự đại.[13]

Để tạo điều kiện phát triển, các tệp đã được tải lên máy chủ FTP (ftp.funet.fi) của FUNET vào tháng 9 năm 1991. Ari Lemmke tại Đại học Công nghệ Helsinki (HUT), một trong những quản trị viên tình nguyện cho máy chủ FTP tại thời đó, không nghĩ rằng "Freax" là một cái tên hay. Vì vậy, ông đã đặt tên dự án là "Linux" trên máy chủ mà không hỏi ý kiến Torvalds.[13] Tuy nhiên, sau đó, Torvalds đồng ý với "Linux".

Để giải thích cách phát âm từ "Linux" ([ˈliːnɵks]), Torvalds đã bao gồm một hướng dẫn âm thanh (listen (trợ giúp·thông tin)) với mã nguồn kernel.[16]